على الرغم من المزايا، يجب أن تعلم أن التداول الالي غير مصان من بعض العيوب. النظرية الكامنة وراء التداول الالي تجعل الأمر يبدو بسيطًا: إعداد البرنامج، برمجة القواعد، و مشاهدتها و هي تتداول. و مع ذلك، فإن الواقع لا يعكس دائما الترقب. التداول الالي ليس معصوم. وفقاً لمنصة التداول، يمكن أن يوجد أمر التداول فعلياً على جهاز كمبيوتر و ليس على الخادم (Server).
هذا يعني أنه في حالة فقدان اتصال الإنترنت الخاص بك، فقد لا يتم إرسال الطلب إلى السوق. قد يكون هناك أيضاً تباين بين ما يسمى بالصفقات الافتراضية التي تم إنشاؤها بواسطة الاستراتيجية، و مكون منصة إدخال الأمر الذي يحولها إلى صفقات حقيقية. ينبغي أن يتوقع غالبية المتداولين منحنى تعليمي أثناء استخدام أنظمة التداول الالي، و هي فكرة جيدة أن تبدأ بأحجام تداول صغيرة أثناء تنقيح العملية.
السلبية الثانية هي المراقبة. على الرغم من أنه من الرائع تشغيل برنامج التداول الالي و المغادرة لهذا اليوم، إلا أن برامج التداول الالي تتطلب المراقبة. و يرجع ذلك إلى احتمال حدوث أعطال تقنية، مثل مشكلات الاتصال أو تعطل جهاز الكمبيوتر أو فقد الطاقة، و مراوغات النظام. من الممكن أن يواجه نظام التداول الالي حالات شاذة يمكن أن تؤدي إلى أوامر مفقودة أو أوامر خاطئة أو حتى أوامر مكررة. إذا تمت مراقبة برنامج التداول الالي، فيمكن تحديد تلك الأحداث و حلها بسرعة.