إن من بين أهم السلبيات التي تعرفها البنوك الإلكترونية صعوبة تحديد حجم السيولة لبنك معين بحكم يجود التعاملات الداخلية والخارجية و التي لا يمكن حصرها ومعرفة حجمها و بالتالي لا يمكن تحديد حجم السيولة الناتجة وهذا سيعرض الدولة لمخاطرها , بالإضافة إلي إمكانية الوقوع كضحية للإحتيال والنصب و ذلك بحكم قابلية تزوير بعض البطاقات أو نسخ معلومات أشخاص آخرين خاصة في ظل هذا التطور التكنولوجي الهائل الذي يساعد في إختراق بعض المعلومات وخروجها عن السرية , كما يمكن أن يحدث خطأ في استخدام هذه الآلية وأي خطأ سيؤدي إلى مشاكل وبالتالي عرقلة في عمله جراء تعرض هذا النظام إلى أحد الفيروسات التي قد تتسبب في اختراق و تعطيل النظام.